崎峰濕地位於大鵬灣東南方，附近緊鄰崎峰社區，佔地約9.5公頃，公園北側進水口承接林邊大排左炭濕地之出梁水，再匯流排入大鵬灣域。崎峰濕地規劃成生態式滯洪池，並結合人工濕地處理系統，當雨季來臨時可發揮滯洪功能，非雨季時則可以處理崎峰社區排出之家庭污水及養殖廢水。 濕地出現鳥種 大白鷺、中白鷺、黃頭鷺、金斑鴴、彎嘴濱鷸、高蹺鴴、黃小鷺
崎峰濕地位於大鵬灣東南方，附近緊鄰崎峰社區，佔地約9.5公頃，公園北側進水口承接林邊大排左炭濕地之出梁水，再匯流排入大鵬灣域。崎峰濕地規劃成生態式滯洪池，並結合人工濕地處理系統，當雨季來臨時可發揮滯洪功能，非雨季時則可以處理崎峰社區排出之家庭污水及養殖廢水。 濕地出現鳥種 大白鷺、中白鷺、黃頭鷺、金斑鴴、彎嘴濱鷸、高蹺鴴、黃小鷺
左岸濕地，位於大鵬灣南端，林邊大排西側，面積約8公頃。本區人工濕地系統主要處理林邊大排內廢污水。污水以自然重力流方式進入濕地，以同樣方式流出，並排入崎峰濕地內，左岸濕地處理單元簡易流程如圖 。 濕地出現鳥種 鳳頭燕鷗、豆雁、黑面琵鷺、大葦鶯、野鴝、黃尾鴝
右岸濕地位於大鵬灣南端，林邊大排的東側，面積約為8公頃，規劃成兩個區域的人工濕地系統，處理大潭新支線、大潭新高地及南埔埤大潭新分線等排水溝之污排水，晴天時進行水質淨化，暴雨時則有截流滯洪的功能，並復育濕地生態，以恢復生物多樣性及自然景觀，增加生態旅遊價值，即結合水質淨化、生物棲地、景觀及滯洪功能的綜合性人工濕地。 濕地出現鳥種 大白鷺、中白鷺、黃頭鷺、金斑鴴、彎嘴濱鷸
鵬村濕地面積約10公頃，位於林邊鄉及東港鎮交界處，原為軍事營區使用地，基地旁有大潭里東側無名溝渠(區外污水截流)、南埔埤支線及海豐埤支線等三條明溝經過；此濕地主要將大潭里東側社區、南埔埤支線及海豐埤支線排水先引進鵬村濕地內，利用自然淨化功能減低污染量後，再排放至大鵬灣潟湖。濕地設計主要以表面流為主，並以深、淺埤塘來創造出多樣的棲地空間，為了增加處理效率，在濕地沉澱池後段，增設潛流式濕地系統，幫助去除水中大部分的污染物。進水後先經由沉澱池與介質床的前處理，之後進入一系列的表面流濕地最後至出水口，基地初步配置如圖。
大潭濕地生態公園位於大鵬灣東北方的位置，臨台17號省道，為大潭社區南緣，此區地勢較為低漥，容易淹水，故將此區規劃成生態式滯洪池結合人工濕地的處理系統；當雨季時可發揮滯洪功能，非雨季時則可以處理大潭社區排出之家庭污水、養殖廢水及台17號省道之非點原污染及部分大鵬里之家庭污水。 濕地公園佔地6公頃，全區配包括東西側各設一處進水口、沉澱池、潛流式過濾池(過濾介質為廢磚塊、混凝土塊及礫石、牡蠣殼)、草澤區、淺水池區、生態島區、深水區及出水口；依暴雨逕流人工濕地型式分類，大潭濕地類型介於延長滯留型與袋狀型之間，整個濕地配置流程如圖 。 濕地出現鳥種 高蹺鴴、黃小鷺、栗小鷺、小環頸鴴、東方環頸鴴、鷹斑鷸、棕三趾鶉
小小片的蚵殼，也能堆出小島？這個「蚵殼島」是大鵬灣的蚵民30幾年來不經意的傑作，蚵殼島的形成，同時也見證了大鵬灣養蚵產業史。 這座奇特島嶼，在大漲潮時全面隱沒在水面，退潮時蚵殼島的面積可擴張到7150平方公尺，露出時像座漂浮在水面上的珍珠島嶼。民眾可乘船豋上由蚵殼堆砌而成的蚵殼島，親身踏上這座充滿蚵農傳說的美麗小島，品嚐各式海鮮美食。
台灣唯一單口囊狀「潟湖」景觀就在大鵬灣，水域約3500公尺，寬約1800公尺，潟湖面積達到532公頃餘，水深約2~6公尺。 潟湖地形景觀的形成，是因東港溪和林邊溪自上游夾帶泥沙入海後，經海潮季風的運送作用，在海灣外形成一道細長的沙礫地帶─「砂嘴」，將原本的海灣與外海隔開，只留下一道缺口，即是今日大鵬灣「潟湖﹞地形。
大鵬灣擺脫了過去軍事用途背景與蚵田遍域的歲月，目前朝向水上觀光遊憩活動發展。然欲推動水上遊憩活動，首先要考量水質夠好否。有鑑於此，鵬管處投入大量心力長期做水質監測。 為改善水質，並兼顧恢復當地原有濕地景觀，具體作法就是利用環灣周遭已經廢養的魚塭，加以改造變身成為:基礎建設投資少、運行費用低、管理維護簡單方便、兼有調節微氣候、改善環境等諸多功能的「人工濕地」，作為廢污水處理基地。 由於大鵬灣人工濕地群所處理的廢污水，以周遭養殖魚塭排放的廢水為主，而養殖魚塭所用之水乃來自於大鵬灣域的海水，故濕地所要處理的不是淡水，而是海水，所以大鵬灣諸多濕地，為國內少數的鹹水人工濕地，算是一大特色。事實證明，濕地環境中所栽植的水生植物，有效地改善了當地原有的生態景觀，同時增加水生動植物的生活空間，豐富美化大鵬灣水域景觀，突顯出綠色生態。
紅樹林濕地生態公園，位於大鵬灣西方，佔地約13.5公頃，主要作為紅樹林復育使用，鄰近社區家庭污水及養殖廢水利用自然重力流方式排入，經濕地內紅樹植物吸收利用後，也能達到淨化效果，並且由於豐富紅樹林生態系統，建構出生態旅遊價值。 大鵬灣轄區紅樹林分佈地區主要集中在下列區域: 尖美小鎮:探索東港第一排水溝的紅樹林後，在尖美小鎮社區旁可在椰林點綴之紅樹林叢，在一片翠綠的景緻中，認真尋找還可見在泥灘上玩耍覓食的彈塗魚群。 第一排水溝:沿台17線繼續南行，為第一排水溝所在地，亦為紅樹林生長地帶，此處除可觀賞紅樹林生態，另外值得推薦觀察的對象就是「招潮蟹」，泥灘上處處可見隆起的小洞，就是這群工兵努力打造的地下城堡，讓泥灘上處處充滿生態的驚奇體驗。 林邊排水溝:沿第一排水溝南行，可抵達林邊排水溝紅樹林分佈區，此區吸引大批水鳥棲息，為喜好賞鳥者的天堂。 鳥類: 大鵬灣國家風景區出現之鳥種包括候鳥、過境鳥等，鳥種以喜於泥灘濕地活動的鷺科，鷸行鳥科及秧雞科為主，其中數量最多的是鷺科鳥類;尤以小白鷺為最多，次為友鷺、大白鷺、蒼鷺及黃小鷺；鷸行鳥科島類則以鷸科的雲雀鷸、青足鷸及行鳥科的東方環頸行鳥科 、小環頸「行鳥」較多，另外反嘴鷸科的高蹺鷸及秧雞科的紅冠水雞數量亦不少。 海洋類: 大鵬灣目前共發現有網紋招潮蟹、白扇招潮蟹、北方凹指招潮蟹、三角招潮蟹等。雄性招潮蟹有一隻明顯而巨大之蟹足，這隻大蟹足之伸展長度幾可達身體甲長之3倍。招潮蟹之體色會隨時間及潮汐之變化而變化，白天體色較深、夜間體色較淡。招潮蟹不能適應過於乾燥之環境，其多棲住於大鵬灣之潮間帶，於紅樹林、灣口岸邊及沙灘上皆可發現其蹤跡。 植物類: 紅樹林是一群生長在海河沿岸或海河交會處的高木或灌木，一般多分佈於熱帶及亞熱帶。這些植物通常具有耐鹽防風、定砂、緩流、消浪、淨化水質、保護堤岸、提供野生動物棲息地及優美環境等功能。本區為台灣紅樹林分佈之南界，目前僅存馬鞭草科之海茄苳。分佈地區主要集中在東港第一排水溝、奇美小鎮區及大鵬灣部份沿岸。
南風徐徐，陽光暖暖，來到大鵬灣國家風景區─濱灣公園(帆船基地)，將會發現這裡有難得一見的帆船、獨木舟、快艇等一應俱全；為了讓遊客更親近大鵬灣域，大鵬灣管理處善用大鵬灣潟湖條件，在帆船基地打造二百公尺人工沙灘，綿密的細沙來自灣域出海口，搭配大鵬灣灣域得天獨厚的天然環境，有風無浪，備受國內風帆好手青睞，並於每年4-6月期間舉辦大鵬灣帆船系列活動，結合運動與觀光，積極推展台灣水上活動及成為國內具代表性帆船基地的地位。 大鵬灣是體驗風帆船的最佳場域，越來越多遊客知道來此體驗搭乘帆船。為了在炎炎炙熱的海邊消暑，沙灘旁也設置一間帆船咖啡廳，經營咖啡、冷飲、簡餐的服務項目。坐在咖啡廳吹著舒適涼爽的冷氣，點一杯冰沙，宛如置身沙漠中的綠洲般享受，並從無敵落地窗景欣賞沙灘美景和廣闊的潟湖，還能遠眺翠綠的大武山，邊喝杯咖啡十分愜意，是偷得浮生半日閒的好去處。大鵬灣的水域活動項目越來越多元，若有意思想學風浪板，帆船基地也提供教學服務，有專屬的教練並配有完整的器材設備，喜愛嘗鮮的民眾不要錯過體驗風浪板、獨木舟等水上活動，還可以搭乘難得一見的重型帆船，盡情享受悠遊海面的樂趣。